几个大的佛教部派从出家受戒到安居布萨都遵循着不同的规范制度，并逐渐形成了各自体系的经、律、论三藏，分支传承于印度各地。关于部派分化过程以及各自主张，虽有大量古代记述，但彼此说法不一，成为一段难以厘清的历史。
佛教典籍公认的僧团第一次重大分裂，也叫根本分裂，一般认为发生于佛灭后百（余）年、迦罗育王（又称黑阿育王）在位时期（有说公元前396年～前360年）。当时在印度东部的毗舍离有些比丘们开始违背戒律规定接受金钱布施，一位来自西边的比丘耶舍对此表示反对，双方发生争议，于是约集有威望的上座（长老）前来仲裁，裁定接受金银等“十事非法”。为了统一认识，僧众随后举行了结集，称为第二次结集，也称“七百人结集”或“毗舍离结集”。毗舍离一带占多数的比丘并不接受此次决议，而是另行结集，形成自己的戒律，据说有万人参加，称为“大结集”。此后僧团分为上座部与大众部两派，其后的几百年间这两部继续分裂，相传有十八部。
第二次结集后不久，摩揭陀国更迭为难陀王朝，公元前4世纪末又变为孔雀（Maurya）王朝，其第三代就是阿育王（Aśoka,公元前268～231在位）。阿育王的连年征战使印度首次获得统一，其版图覆盖了除南端之外的整个南亚次大陆。
阿育王信仰并极力弘扬佛教，使得佛教流布范围更广，僧团人数激增，但也带来了新的问题。僧团之中鱼龙混杂，导致一些正常的僧伽管理程序和诵戒仪式不能实行。众人一致认为应请出德高望重的目犍连子帝须长老主持大局。于是在阿育王的支持下，帝须主讲法义，肃清僧团，恢复了寺院的正常僧务。为进一步巩固成果，约在公元前250年左右，帝须召集高僧千人举行结集，史称第三次结集。据传这次结集编辑了一部论事以记载各派观点。
第三次结集后，阿育王分派上座去各地弘扬佛教，所到一处，自成一派。昙无德到了西部，后来形成了法藏部。大天到了南印案达罗东部，后来在此形成了制多部。大天认为阿罗汉有五点不如佛，称为“大天五事”，对此法藏部表示反对。由“大天五事”也可窥见大乘思想的萌芽。
分派至西北印度的迦湿弥罗（今克什米尔地区）及犍陀罗地区（今巴基斯坦白沙瓦地区）的上座形成了另一个大派说一切有部（简称有部），主张三世实有，大行经院哲学之风。其另一特点是一反早期佛教抵制梵语的惯例，开始使用梵语重新编辑经典。后来从有部分出经部，反对有部的以论藏为中心，转而注重经藏，故而得名。经部是最晚分出的部派。有部、经部与大乘的中观派与瑜伽行派合称印度佛教有代表性思想的“四宗”。
有部所传梵文长阿含经，吉尔吉特出土，抄于约8世纪
公元之后迦湿弥罗与犍陀罗发展成为有部的两大中心，分别称为东方有部和西方有部。东方有部较为保守，集有巨著大毗婆沙论，自恃有部正统。西方有部则较为开放，并逐渐接受了经部思想，至世亲（Vasubandhu）造俱舍论集其大成，对大毗婆沙论有所批判与总结，传习甚广。众贤曾造顺正理论以东方立场来破斥俱舍论，但他也受到了俱舍的影响，对东方传统有所革新，又称为新有部。
上座部传入锡兰（今斯里兰卡）之后，形成了代表保守思想的大寺派。该派僧人于公元前1世纪左右将口传的三藏经典以巴利语写出。这一时期在锡兰也出现了无畏山寺派，接受了大乘以及后来的密教思想。5世纪时印度僧人觉音（Buddhaghosa）来到锡兰大寺，整理注解巴利三藏并作撰述，自此巴利三藏成为现在的形态。上述两派长期对立，至12世纪时锡兰国王取缔无畏山寺派，扶持大寺派为正统。锡兰大寺派将上座部佛教和巴利语经典传至东南亚各国，发展成为南传佛教，也称上座部（Theravāda）佛教。
大乘佛教兴起之后，各个小乘部派依然强盛，据7世纪玄奘和义净记述，如果将各个小乘部派合计起来，则比大乘更为流行。
佛教艺术初兴
印度各地出土的阿育王石柱雕刻，是孔雀王朝艺术的杰出代表，其中一件精品是鹿野苑出土的四狮子柱头，象征佛教传遍四方，被选用为印度国徽图案。
印度中央邦的桑奇和巴尔胡特佛塔遗迹是早期佛教艺术的代表。桑奇大塔始建于阿育王时期，至巽伽王朝扩建，其大塔石门的雕刻堪称精品。建于巽伽王朝时期的巴尔胡特佛塔，包含大量佛本生故事浮雕。这一时期佛教艺术的一大特点是不用人形描绘佛陀，而是以菩提树、、伞盖、脚印等符号暗示佛的存在，称为“不表现原则”。关于佛在世时优填王造佛像的传说应是后世杜撰，佛像的出现一般认为始自公元1世纪前后的犍陀罗以及马图拉地区。
桑奇大塔与石门
为波斯匿王说法，桑奇大塔北门门柱雕刻，约公元1世纪
中下部的菩提树代表佛陀
三十三天下凡，巴尔胡特佛塔雕刻，约公元前2世纪
宝阶顶部与底部各有一只脚，代表佛陀从三十三天下到人世（文：叶少勇）
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